Quan va esclatar la guerra civil, van haver d’abandonar els seus domicilis i refugiar-se on poguessin. Molts jesuïtes van ser represaliats. En total, a Catalunya van ser assassinats 36 jesuïtes.
Al P. Alfonso Maria Thió, l’inici de la guerra civil el va agafar impartint exercicis espirituals a l’Ametlla del Vallès (Vallès Oriental). Primer es va amagar als boscos dels voltants, mentre cada dia en Jaume, l’hortolà de la casa, li portava aliments i notícies. Va tornar a Barcelona i, el 29 de setembre de 1936, va ingressar a la presó Model. D’aquells primers dies va escriure:
«Els veïns de l’Ametlla són bona gent. Al poble ningú volia cremar ni profanar l’església; però els emissaris dels sindicats de Barcelona no van trigar a arribar: un poble sense la corresponent columna de fum cridava massa l’atenció. Dimarts, a la tarda, un dels molts cotxes que —pintats amb les inscripcions llavors triomfants FAI i CNT— corrien frenèticament per les carreteres veïnes, van emprendre la pujada cap al poble. Ràpidament es va estendre la temuda veu: vénen a cremar l’església.
El ‘Casal’ es troba darrere de la parròquia, adjacent a ella i a les afores; temia que, després de l’església, vinguessin al ‘Casal’. Vaig agafar ràpidament el Santíssim i, per la part de la muntanya, vaig escapar amb el preciós tresor al pit.
Tenia amb mi Jesucrist, ocult i com adormit sota les espècies sacramentals; no se’m va acudir dir-li: Desperta’t i salva’ns, que perirem. Em va fer la gràcia de fer-me entendre amb clara llum el sentit d’aquelles paraules: ‘El meu regne no és d’aquest món; si el meu regne fos d’aquest món, els meus ministres lluitarien per defensar els meus interessos; però el meu regne no és d’aquest món’. Era l’hora de la passió, i fervorosament li demanava la gràcia necessària per no desertar.
Començava a enfosquir quan vaig veure sortir de la plaça del poble les primeres ràfegues de fum entre resplendors sinistres. A l’empara de la foscor vaig sortir del meu amagatall i em vaig anar acostant al poble. Sense trobar ningú, vaig arribar fins a un extrem de la mateixa plaça. Quin trist espectacle se’m va oferir!
En un munt confús cremaven imatges decapitades, confessionaris destrossats, bancs, llibres, ornaments sagrats. Alguns veïns del poble contemplaven en silenci l’espectacle. En alguns rostres es veia consternació, en pocs satisfacció, en molts indiferència: com si pensessin que, al cap i a la fi, per al que servia tot allò, no es perdia gran cosa… Consternat, vaig anar cap a casa.
Confesso que, en veure aquells homes —molts d’ells vestits només amb pantalons i samarreta, però tots ben armats i amb cara de pocs amics— va passar com un llampec per la meva imaginació la imatge del meu cadàver cosit a trets i estirat al costat d’un dels marges veïns.
Era lògic suposar que venien informats de qui era jo, ja que tot el poble em coneixia i sabia que estava donant exercicis. No em feia il·lusions sobre el que m’esperava. En aquella ocasió i en moltes altres d’aquells temps, va ser per a mi un gran consol pensar que Jesucrist va sentir avorriment i terror davant la passió.
- Bon dia.
- Què fa aquí?, em va preguntar el més jove.
- Espero que es restableixi el servei de tren per traslladar-me a Barcelona.
- Des de quan és aquí?
- Des de divendres 17.
- A què va venir a aquesta casa?
- A visitar la meva cosina i prendre’m uns dies de descans.
- On viu a Barcelona?
- Fa un any que visc al mateix col·legi on treballo.
- Quin col·legi?
- L’Acadèmia Ramon Llull.
Van escorcollar la casa […] En sortir em van dir que quedava lliure, que romangués a casa tres o quatre dies, passats els quals podria traslladar-me a Barcelona».
De la seva estada als boscos de l’Ametlla del Vallès ens va deixar aquestes reflexions:
«Era evident que la nova societat que sorgia aquells dies rebutjava d’una manera rotunda i decidida Jesucrist i els seus ministres. Em preguntava: rebutgen els ministres per causa de Jesús, o rebutgen Jesús per causa dels seus ministres? La primera hipòtesi és molt afalagadora, però la segona també és possible, i en rebutjar-la de pla, ¿no hi hauria res de fariseisme? Les paraules d’aquell cap de patrulla no s’apartaven de la meva memòria: ‘Tan bo com eres tu!’ (referides a Jesucrist)... ¿Hem estat els sacerdots i religiosos espanyols llum per al nostre poble? ... ¿No haurem viscut alegrement perquè teníem prou moviment a les nostres esglésies… sense tenir en compte les contínues decepcions que es produïen al nostre camp?»
Va decidir anar a la Garriga per agafar el tren en direcció a Barcelona. Es va amagar a casa d’uns familiars, però en veure que no estaria segur, va decidir refugiar-se en una altra casa. Va ser descobert el 19 de setembre de 1936. Va passar deu dies a la Prefectura de Policia de Via Laietana. Passat aquest temps el van traslladar a la presó Model. El 20 d’agost de 1937 va sortir de la Model i, com escriu el Pare Batllori:
«Fins al 29 de març del 38 va caure a les temibles mans del SIM: tres dies el van tenir a aquella txeca propera al carrer Muntaner, sent ell l’únic entre els seus companys que no va ser sotmès a l’horrible tortura de la cadira elèctrica: després el van traslladar de Vallmajor a l’Uruguai, i d’aquí al Poble Espanyol i al Palau de Missions: condemnat a treballs forçats, cada dia el portaven, en camions, a Sarrià. Així va haver de viure fins a mitjan setembre, quan va ser posat de nou en llibertat».
